董氏基金會食品營養組主任許惠玉昨說，市售手搖飲料普偏含糖量偏高，以七百c.c.的大杯珍珠奶茶為例，含糖量約七十公克，喝一杯就超過世界衛生組織（ＷＨＯ）建議的每天攝取糖量四十五到五十公克的上限。
儘管手搖飲料業者多表示，現在絕大多數的民眾都會點半糖以下的甜度，但許惠玉說，就算半糖含糖量還是太高。
以世衛組織建議成人一天所需的一千八百到兩千大卡熱量中，來自於糖分的熱量應僅佔一成，依此換算，成人每天最多攝取四十五到五十公克的糖，但一杯半糖的大珍奶就有三十五公克的糖，再加計珍珠等添加物的糖分，含糖量依舊超標，因此民眾若要喝手搖飲料，最好直接點無糖。
開業減重醫師蕭敦仁說，手搖飲料多使用果糖中較甜的高果糖玉米糖漿，肝臟不易代謝，食用容易造成脂肪肝，而高糖又會導致肥胖，進而引發高血壓、糖尿病、心血管疾病等。
除了高熱量的問題，消基會指，一些特殊風味的飲品還可能添加香精等化學添加物，長期喝恐對肝、腎及心血管造成沉重負擔。